各カテゴリの投稿件数を表示するには「<$MTCategoryCount$>」を使用します。
例
<li><a href="<$MTCategoryArchiveLink$>" title="<$MTCategoryDescription$>"><$MTCategoryLabel cutfirstchar="3"$></a></li>
を
<li><a href="<$MTCategoryArchiveLink$>" title="<$MTCategoryDescription$>"><$MTCategoryLabel cutfirstchar="3"$></a>(<$MTCategoryCount$>)</li>